La Piedra fue cabeza de tres localidades entre 1845 y 1976, estas fueron, La Rad, Santa Cruz y La Piedra.

Como indica su nombre, La Piedra, se le conoce debido a la gran roca de piedra caliza que se encuentra sobre la localidad, junto al río Urbel. Sobre esta atalaya se edificó una fortaleza, centro estratégico que dominaba las impulsiones de la guerra contra los moros. Tomado por el bando cristiano con Diego Lainez, padre del cid campeador. De aquel castillo tan solo pervive en la actualidad su nombre.
La historia la situa en el alfoz en la Alta Edad Media. Posee restos artísticos románicos importantes, como el ábside de su iglesia parroquial.

En 1029 aparece el primer documento de texto en el cual vemos reflejado este municipio, perteneciente al cartulario del monasterio ósense de San Juan de la Peña. En este documento se puede contemplar un detalle de los bienes de doña Oñeca, una noble de origen navarro, esto nos afirma que durante la primera mitad del siglo XI las tierras burgalesas pertenecieron al reino de Navarra. Ya en el año 1055 el castillo de La Piedra fue conquistado por Diego Lainez (padre del Cid), entrando así a formar parte de las tierras castellanas.

En 1845 fue declarada capital del municipio que tan solo integraba a tres localidades, La rad, Santa Cruz y La Piedra. Cuenta durante estos años con una población de 184 personas, entre los que se encontraba el maestro, veterinario o el sastre. Su condicion de cabeza de municipio desaparece definitivamente en el año 1976 al unirse al ayuntamiento de Basconcillos.